בדוקה אנו משתמשים במושגים ״ארגון״ ו״חברה״ בכדי להפריד את הנהלת החשבונות מהלקוחות בהם הם מטפלים.
ארגון: הוא הישות הגדולה יותר כמו משרד רו"ח, או חברה.
לאירגון יש לקוחות או ישויות שונות תחתיו (ח.פ שונים)-
אלו החברות: לכל חברה, יש את ההתנהלות החשבונאית שלה והספרים שלה.
כל חברה מתחברת למערכת הנהלת החשבונות שלה.
בדרך כלל האירגון מנהל את ההתנהלות החשבונאית של החברה או מפקח עליה.
עבור ״אירגונים״ שמתמשים בדוקה, ה"חברות" הן הלקוחות שלהם ולכל חברה יש את המסמכים שלה וההתנהלות החשבונאית שלה.
עבור ״חברות״ שמשתמשות בדוקה, ה"אירגון" הוא ההתנהלות החשבונאית הכוללת של החברה וה"חברות" יכולות להיות מחלקות בחברה.